Az elmúlt évszázadokban azonban  ez nem volt így, és a járványok sok halálos áldozatot követeltek. A tragédiák Sopront sem kerülték el, 1409-ben nagy erővel jelentkezett a pestis a városban, írja Schultheisz Emil: A magyarországi járványok történetéből című munkájában (a szöveget sajtó alá rendezték a Magyar Tudománytörténeti Intézet munkatársai, Gazda István vezetésével). Sopron csaknem teljesen elnéptelenedett, ezért Zsigmond 1410-ben az új betelepülők részére nyolcévi teljes adómentességet biztosított. 

1634-ben Erdélyben olyan nagy  volt a járvány, hogy a tárnoki széket (felsőbb bíróság volt a középkor végén és az újkor elején – a szerk.) Sopronba helyezték át. Az ország határához közeli városok kiküldték pestiskémeiket a szomszédokhoz. Ők kipuhatolták a járványhelyzetet, hogy aztán a szükséges rendszabályokat léptessék életbe. 1679 júniusában Sopron tanácsa Pozsonyba küldte az egyik bizalmas emberét, hogy ellenőrizze, nem lépett-e már fel a Bécsből fenyegető pestisjárvány. A pozsonyi tanács tiltakozott, pedig akkor már javában pusztított a járvány, mely több mint 10 ezer polgárt vitt a sírba. A pozsonyi tanács attól félt, hogy zárlatot vonnak a város köré, ami anyagi romlásba dönti a polgárokat. 

Aztán a járvány Sopront sem kímélte: 1679-ben vérfagyasztó pestis pusztított a városban; a halottak száma meghaladta a 2500-at. A Fő téri Szentháromság szobrot Késmárki Thököly Éva Katalin és férje, Löwenburg Jakab emeltette fogadalmi emlékműként. A pestis végül alábbhagyott Sopronban, a Felvidéken azonban tovább tombolt, emiatt 1681-ben az országgyűlést Pozsony helyett Sopronban hívta össze I. Lipót magyar király.