A Bécsi úti Keresztelő Szent Já­­nos-templom Sopron legrégebbi templomai közé tartozik. Alapítója, a Jeruzsálemi Szent János Lovagrend, vagyis a Máltai Lovagrend a 13. században telepedett le Sopronban, működésükkel sokat tettek a város fejlődéséért. 1347-ben elhagyták a várost, a rom­­ló állagú templomot a város polgárai rendbe hozatták. 1636–1674. között a je­­zsuiták templomaként működött a templom és a mellette álló, eredetileg johannita rendház, majd miután a Szent György-templom a jezsuiták bir­­­­to­­ká­ba került, veszített jelentőségéből. 1773-ban feloszlatták a jezsuita rendet, a templomot elárverezték, báró Meskó Jakab vette meg, aki 1782-ben a Soproni Társaskáptalannak ajándékozta. 1950-ig a Társaskáptalan karkáplánjai tartottak benne istentiszteleteket, majd a városplébánia irányítása alá került. 

A 19. század végén ifjabb Stor­­nó Ferenc tervei alapján lebontották a torony hagymasisakját, helyette hegyes, magas sisakot építettek, a berendezést pedig ne­o­gó­ti­kus­ra cserélték. A há­­ló­­­bol­­­­­to­zat bordái közé Stor­­nó Krisz­­tus családfáját festette meg; a szentély szárnyasoltára is az ő al­­kotása: Keresztelő Szent János életének és vértanúságának eseményeit ábrázolja.

– A templom 2015-ben befejeződött felújítása során megújult a teljes tetőszerkezet, megerősítették a hálóboltozatot, helyreállították a színes üvegablakokat, feltárták a Stornó Ferenc-féle sző­­nyeg­­díszítést, valamint visszakerült az eredeti barokk oltár Jézus megkeresztelését ábrázoló oltárképe a Szent Mihály-templomból – tudtuk meg Horváth Imre városplébánostól. – Emellett méltó módon, antropológus segítségével helyeztük el az itt nyugvó Draskovits György győri püspök csontjait, sírját ugyanis már a múlt században többször is feldúlták. Szobra is visszakerült a Soproni Múzeum újkori kőtárából a templomba.

A felújítás során a karzat alat­­ti padozat cseréje régészeti kutatásra is lehetőséget adott: a régészek öt korábbi padlóréteget tárták fel, melyek közül a legalsó, eredeti 13. századiban felfedezték a szerzetesek koptatta, téglával kirakott küszöböt is.

A templom kapui évente négyszer nyílnak meg: április 26-án, Dras­ko­vits püspök temetési év­­­­­for­du­ló­ján (1651. április 26.), május 8-án, a legutóbbi templomfelszentelés (1890. május 8.) emlékére, június 24-én, Szent János születésnapján és augusztus 29-én, Szent János vértanúságának ünnepén.